A Szahara �ghajlata az elm�lt n�h�ny sz�zezer �vben nagy, hull�mz� v�ltoz�sokon ment kereszt�l. Az utols� j�gkorszak idej�n nagyobb volt, mint ma, d�len mai hat�rain t�l terjeszkedett. A j�gkorszak v�ge ut�n, Kr. e. 8000 �s 6000 k�zt a ter�let �ghajlata az �l�vil�g sz�m�ra kedvez�bbre fordult, tal�n az�rt, mert az �szakon zsugorod� j�gmez�k alacsony nyom�s� �vezeteket alak�tottak ki. Amikor azonban a j�gmez�k elt�ntek, a Szahara �szaki r�sze kisz�radt.
 
O�zis az Ahaggar-hegys�gbenEzzel azonban m�g nem volt v�ge a v�ltoz�soknak. A monszunz�na hat�ra ugyanis, amely ma csak a Sz�hel sz�less�gi k�reiig sz�ll�t es�t, �szakabbra h�z�dott �s megakad�lyozta a Szahara d�li r�sz�nek kisz�rad�s�t. A monszunt a ny�ri felmeleged�s okozza, amelynek k�vetkezt�ben a felforr�sod� sz�razf�ld feletti sz�raz l�gr�tegek felemelkednek �s a hely�kbe az �ce�n fel�l nedvesebb l�gr�tegek �rkeznek, es�t sz�ll�tva. A Szahara �gy paradox m�don a meger�s�d� ny�ri napsug�rz�s idej�n lett csapad�kosabb. A napsug�rz�s energi�j�nak t�rt�neti v�ltoz�sait a F�ld kering�si param�tereinek v�ltoz�sai okozz�k (kilencezer �ve a F�ld tengely�nek d�l�se nagyobb volt, mint ma, �gy a ny�ri napk�zeli apszis j�lius v�g�n j�tt el.)

Kr. e. 3400 k�rny�k�re a monszunhat�r k�r�lbel�l mai hely�re vonult vissza, a Szahara ter�let�nek fokozatos elsivatagosod�s�t okozva. A Szahara ma k�r�lbel�l ugyanolyan sz�raz, mint 13 ezer �vvel ezel�tt volt. A szaharai pumpa elm�let az ezen �ghajlati hull�mz�sok k�vetkezt�ben lezajlott fl�ra-, fauna- �s emberi v�ndorl�sokat �rja le.

A Szahara ma a F�ld egyik legmostoh�bb �ghajlat� ter�lete az �l�l�nyek sz�m�ra. Az uralkod� �szakkeleti sz�l gyakran okoz homokviharokat �s porforg�kat. A csapad�k ritka, de nem ismeretlen. A Szahara fele kevesebb mint k�t centim�ternyi es�t kap �vente, a marad�k kevesebb, mint 10 centim�tert. Ritk�n esik az es�, sok helyen ak�r t�bb�ves sz�netet k�vet�en, akkor viszont �ltal�ban felh�szakad�sszer�.

A Szahara csapad�kmennyis�g alapj�n m�rt d�li hat�ra 1980 �s 1990 k�z�tt el�re �s visszafel� is mozgott. A sz�heli sz�razs�g k�vetkezt�ben �sszess�g�ben d�l fel� mozdult el mintegy 130 kilom�tert.  A legut�bbi �vekben az elerd�tlen�t�s is hozz�j�rul a Szahara d�li ir�ny� terjeszked�s�hez, mivel az itt �l�k tov�bbra is t�zel�nek haszn�lj�k a f�kat �s bokrokat.